どちらも非接触型ICチップの規格ですが、対応する読み取りシステムが異なります。MIFARE 1Kは世界的に広く採用されている規格で、入退室管理・勤怠管理システムに多く使われています。FeliCa Lite-Sはソニーが開発した日本国内で普及している規格です。
どちらを選ぶべきかは、既存のカードリーダー・入退室管理システムが対応している規格によって決まります。ご不明な場合は、システム管理会社に事前にご確認のうえご注文ください。